Кардинальное решение проблемы — это удаление пакета командой
sudo apt-get remove tracker-extract
Но мы поступим правильнее и дадим ей по рукам настроим эту утилиту.
Жмём Alt-F2 и запускаем tracker-preferences
Открывается окно с настройками, которые можно поменять:
Переходим на вкладку «Местоположения»
и снимаем «галки» с тех директорий, которые не нужно индексировать.